Vào ngày 7 tháng 8 năm 1965, Thủ tướng Tunku Abdul Rahman, sau khi thấy không có cách nào khác để tránh đổ máu thêm, đã yêu cầu Nghị viện Malaysia bỏ phiếu trục xuất Singapore ra khỏi Malaysia.[1] Mặc dù các nhà lãnh đạo PAP, trong đó có Lý Quang Diệu, tìm cách thương lượng trong tuyệt vọng nhằm giữ Singapore ở lại trong liên bang, Nghị viện đã bỏ phiếu với tỷ lệ 126-0 ủng hộ việc trục xuất Singapore vào ngày 9 tháng 8 năm 1965, với sự vắng mặt của các Nghị viên của Singapore. Trong hôm đó, Lý đã tuyên bố Singapore độc lập trong nước mắt, và đảm nhận vai trò Thủ tướng của quốc gia mới. Bài phát biểu của ông có đoạn: "Đối với tôi đây là một khoảnh khắc đau đớn vì cả đời tôi...bạn có thể thấy toàn bộ cuộc đời trưởng thành của tôi... Tôi đã tin tưởng vào một sự sáp nhập và thống nhất của hai lãnh thổ. Bạn thấy đấy, chúng ta là những người có quan hệ với nhau về địa lý, kinh tế, và ràng buộc về dòng máu..."[4]

Theo hiến pháp sửa đổi được thông qua vào tháng 12 năm đó, quốc gia mới được đặt tên là Cộng hòa Singapore, với Yang di-Pertuan Negara trở thành Tổng thống, và Hội đồng Lập pháp trở thành Nghị viện Singapore. Những thay đổi này được thực hiện hồi tố đến ngày Singapore tách khỏi Malaysia. Đồng đô la Mã Lai và Borneo thuộc Anh vẫn được sử dụng hợp pháp cho đến khi đô la Singapore được giới thiệu năm 1967. Trước khi tách khỏi về mặt tiền tệ, đã có những cuộc thảo luận về một đồng tiền chung giữa Chính phủ Malaysia và Singapore.[5]